Tuy vậy cũng phải nói thêm rằng bên cạnh những ưu điểm đề cập trên, cũng còn những trí thức có trình độ chuyên môn nghiệp vụ giỏi, có kinh nghiệm, nắm vững đường lối, nghị quyết của Đảng, chính sách pháp luật của nhà nước, nhưng trước nhiều vấn đề của xã hội đang được dư luận quan tâm họ vẫn im lặng. Sự lặng im của họ có nhiều lý do. Người thì quan niệm việc đó là việc của nhà nước để nhà nước lo, không hơi đâu mà ôm rơm nhặm bụng. Người khác thì ngại va chạm, sợ liên lụy ảnh hưởng đến vị trí công tác, đến các mối quan hệ sẽ khó cho đường công danh. Với người có tư tưởng an phận thủ thường thì “ Tránh voi chẳng xấu mặt nào”, “Im lặng là vàng”, chuyện ai người đó lo, tôi không đụng đến ai cũng mong ai đó đừng đụng đến tôi…Ngoài vô vàn lý do khác nhau thì có một căn nguyên chính là ở họ còn thiếu dũng khí, thiếu bản lĩnh. Những người này khi được mời trong hội đồng khoa học hoặc thực hiện nhiệm vụ phản biện họ thường nói chung chung khen một ít, chê một ít, đại loại là “vô thưởng vô phạt”…Nhiều trí thức đã lên tiếng phản biện xã hội không có chỗ cho sự phản ánh chung chung kiểu “Kính nhi viễn chi”. Phản biện xã hội là một kiểu đối thoại đặc biệt. Lịch sử cho thấy, sự độc quyền kéo dài thường là nguyên nhân chính của sự trì trệ. Lý do đơn giản của kiểu xã hội chỉ quen độc thoại chứ không chấp nhận đối thoại. Không thể chậm hơn khi sự mở cửa giao lưu với thế giới bên ngoài, sự hội nhập ngày càng sâu của nền kinh tế đã là một đòi hỏi tất yếu không cho phép chúng ta bảo thủ. Việc hạn chế phản biện xã hội hay duy trì sự phản biện chất lượng kém, phản biện tư vấn theo kiểu “chung chung”, theo kiểu chỉ “để có” để đủ thủ tục sẽ dễ đẩy xã hội vào vòng xoáy của chuyên chế, độc tài sẽ kìm hãm sự phát triển của chính xã hội ấy. Và nếu để xảy ra như vậy thì trí thức sẽ là người đầu tiên có tội với nhân dân.

Thực tế đã có rất nhiều dự án từ trung ương đến địa phương nhờ sự phản biện của đội ngũ trí thức, các nhà khoa học đã cung cấp luận cứ khoa học và thực tiễn giúp cấp thẩm quyền xem xét, kịp thời điều chỉnh, bổ sung những sai sót trước khi quyết định những vấn đề lớn của đất nước, địa phương. Cuộc sống đã khẳng định, phản biện xã hội là nhân tố quan trọng của sự phát triển. Nhiều trí thức đồng tình với quan điểm: Trong xã hội dân chủ, phản biện xã hội phải được coi là nét văn hóa, là nhu cầu cần thiết của cuộc sống. Phản biện như một hành vi có chất lượng khoa học của phê phán. Một xã hội tổ chức phản biện tốt sẽ góp phần tạo ra sự đồng thuận cho phát triển, giảm được tối đa sự phản kháng không cần thiết của dân chúng. Phản biện xã hội phải là sự tổng hoà các nguồn tri thức. Vì vậy phản biện phải được nhìn dưới mọi góc độ, đa ngành nghề và bên cạnh việc phải luôn trân trọng các ý kiến đóng góp của các nhà khoa học, thực hiện phản biện xã hội rất cần một đội ngũ trí thức có đủ bản lĩnh, đủ dũng khí làm vai trò tổng hợp, phân tích, chọn lọc các ý kiến truyền tải một cách đầy đủ nhất, trung thực nhất đến nơi có thẩm quyền giải quyết. Hoạt động tư vấn, phản biện, giám định xã hội của trí thức là hoạt động minh bạch, dân chủ, công khai, không có thỏa hiệp. Vậy nên, đòi hỏi đầu tiên của hoạt động tư vấn, phản biện là độc lập, khách quan, khoa học, trung thực.

Với ưu thế nổi trội về năng lực và do sự thôi thúc lương tâm, đội ngũ trí thức luôn nhận lãnh trách nhiệm của người tiên phong; phát hiện ra các vấn đề mới của cuộc sống, đặt chúng trong mối quan hệ tác động đến sự phát triển kinh tế-xã hội và quyền lợi của các thành viên trong cộng đồng. Từ đó chủ động, sáng tạo, linh hoạt hình thức tập hợp đội ngũ trí thức khoa học công nghệ; liên kết chặt chẽ hơn nữa với Mặt trận Tổ quốc Việt Nam để chia sẻ thông tin; bồi dưỡng kỹ năng, nâng cao nghiệp vụ chuyên môn, hỗ trợ chuyên gia, phát huy cao nhất trí tuệ, sức sáng tạo của đội ngũ trí thức khoa học và công nghệ, thực hiện tốt chức năng tư vấn, phản biện và giám định xã hội vì lợi ích cộng đồng, góp phần xây dựng quê hương đất nước mạnh giàu, công bằng, dân chủ, văn minh.