Hoạt động nghiên cứu khoa học được hiểu là do một nhóm ít người trong xã hội - cộng đồng các nhà khoa học- thực hiện. Cộng đồng các nhà khoa học được hình thành ở phương Tây trong một quá trình lịch sử nhiều thế kỷ với một hệ thống giá trị văn hóa đặc thù đảm bảo cho hiệu quả của hoạt động khoa học. Cộng đồng các nhà khoa học đã không thể có được thành tựu nào, nếu chỉ thuần túy dựa vào lý thuyết và phương pháp không thôi. Trong quá trình hoạt động nghề nghiệp họ đã hình thành được một hệ thống đạo đức gắn bó chặt chẽ với tính duy lý khoa học: tính bất vụ lợi, tính trung thực, thái độ hoài nghi có tổ chức (cho phép phê phán). Hình thức đạo đức ấy của cộng đồng các nhà khoa học không chỉ là tính duy lý minh triết mà còn luôn luôn là mẫu mực của nhân cách. Đây cũng chính là ý nghĩa nguyên thủy của khoa học trong lịch sử của tính duy lý phương Tây bắt nguồn từ triết học Hy Lạp. Thuật ngữ “lý thuyết” theo Aristotle hàm ý một định hướng tổng quát cho cuộc sống. Cuộc sống xô bồ trong xã hội hiện đại đôi khi làm lu mờ đi ý nghĩa của lý thuyết như một cách sống..
Nước ta đang ở trong quá trình hội nhập với thế giới, buộc phải đối mặt không chỉ với những thách thức chung của thời đại, mà còn phải đối mặt với sự lạc hậu trong nhận thức của xã hội về tầm quan trọng của việc xây dựng nền khoa học quốc gia. Chúng ta đang có nhiều ngộ nhận về khoa học dẫn đến những hành động hồ đồ trong việc xây dựng cộng đồng các nhà nghiên cứu khoa học. Hệ quả là chúng ta có quá nhiều hiện tượng không giống ai khiến dư luận xã hội khá hoang mang.
Nguyên nhân sâu xa là do suốt mấy trăm năm tiếp xúc với văn hóa phương Tây, các vị hiền triết của ta đã không nghiên cứu, tìm hiểu một cách nghiêm túc để hiểu rõ thực chất của khoa học là gì. Các nho sĩ thời nhà Nguyễn đã chê bai khoa học kỹ thuật phương Tây là “dâm xảo” vì “không có ngũ hành tương sinh tương khắc” và như thế thì “trái lý và bất hợp với cổ xưa”. Thời kỳ sau cách mạng, khoa học kỹ thuật được tôn vinh như chìa khoá giúp đất nước mở cánh cửa công nghiệp hoá. Tuy nhiên, xã hội lại chỉ chú ý đến hệ quả thực dụng của khoa học thể hiện trong những ứng dụng công nghệ. Chúng ta đã gửi nhiều sinh viên ra các nước có nền khoa học tiên tiến để đào tạo họ thành các nhà khoa học chuyên nghiệp, nhưng ta lại không nghiên cứu những đặc thù văn hóa của cộng đồng các nhà khoa học để có quy chế thích hợp cho hoạt động nghề nghiệp của họ. Các tổ chức đại học, viện nghiên cứu và các hội nghề nghiệp của ta chỉ có vẻ bề ngoài là giống với các tổ chức có tên gọi tương ứng ở các nước tiên tiến, song về thực chất thì lại khác biệt rất nhiều.
Các nhà khoa học của các nước tiên tiến cũng cần có giao lưu với đồng nghiệp ở các nước khác. Tôi cho rằng sự tương đồng chỉ có ở vẻ bề ngoài của hiện tượng. Thực chất nằm ở chỗ các nhà khoa học ở các nước tiên tiến hoạt động trong một môi trường văn hóa nghề nghiệp với những chuẩn mực đạo đức nghiêm khắc mà chúng ta không có. Nhìn bề ngoài họ có vẻ tự do thoải mái với nhau, song khi đi vào công việc thì tất cả đều rất nghiêm túc và thể hiện những phẩm chất đạo đức mà tôi đã nhắc tới ở trên: tính bất vụ lợi, tính trung thực, thái độ hoài nghi có tổ chức. Họ là những chủ thể tự nguyện liên kết với nhau theo nghề nghiệp trong một tập thể mà họ đều mong muốn giữ gìn uy tín cho nó. Những phẩm chất đạo đức ấy hình thành trong quá trình hàng trăm năm từ hình thức sơ khai của các phường hội thời trung đại cho đến các hình thức hiện đại của đại học và các viện nghiên cứu, trải qua cuộc đấu tranh lâu dài đầy khó khăn để thoát khỏi ảnh hưởng chuyên chế của Giáo hội và Nhà nước. Khi họ nói về sự tự chủ của đại học hay viện nghiên cứu là họ nói tới sự tự chủ của tập thể có tổ chức của các nhà khoa học với những phẩm chất đạo đức như thế. Lẽ dĩ nhiên trong thực tế không có một đại học hay viện nghiên cứu nào có phẩm chất hoàn mỹ lý tưởng, nhưng có thể khẳng định rằng nhờ có những phẩm chất ấy của các nhà khoa học mà các tổ chức đại học và viện nghiên cứu của họ tồn tại được tới ngày nay trong sự kính trọng của xã hội.
Đại học và viện nghiên cứu cùng với khoa học của phương Tây du nhập vào nước ta và được Nhà nước tổ chức quản lý theo mô hình “hành chính sự nghiệp”. Với cung cách quản lý như vậy dù có thiện ý đến mấy các nhà quản lý cũng không thể làm thay những chức năng vốn thuộc lãnh vực tự chủ, tự quản của các nhà khoa học. Vì vậy tôi cho rằng đã đến lúc phải suy nghĩ lại cung cách quản lý hiện hữu theo chiều hướng từ bỏ kiểu quản lý hành chính và từng bước xây dựng các tập thể tự chủ của các nhà khoa học. Có lẽ bắt đầu từ khoa học cơ bản với lĩnh vực lý thuyết (như toán học, vật lý lý thuyết…) là thích hợp nhất vì thực ra trong lĩnh vực này các nhà khoa học biết nhau rất rõ.
Khó khăn trước hết ở phía các nhà quản lý không muốn từ bỏ quyền đưa ra các quy chế thuận tiện cho mình, nhưng trở ngại cũng nằm ở phía các nhà khoa học đã quá quen thuộc với việc được người khác chăn dắt. Nếu các nhà khoa học không cảm nhận được nhu cầu tự tổ chức mình thành một cộng đồng biết gìn giữ đạo đức nghề nghiệp để tự bảo vệ uy tín, nếu họ không tự vượt lên bản thân mình thì việc những người khác đành phải quản lý họ theo cung cách không thích đáng sẽ là việc làm hợp lý.