Để tăng cường trách nhiệm và nâng cao tính tích cực, chủ động, năng động, sáng tạo của tổ chức khoa học và công nghệ cũng như tạo điều kiện gắn nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ với sản xuất, kinh doanh và đào tạo nhân lực, đẩy nhanh quá trình xã hội hóa các hoạt động khoa học và công nghệ… ngày 5/9/2005, Chính phủ đã ban hành Nghị định Quy định cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm của tổ chức khoa học và công nghệ công lập. Sau 10 năm đi vào hoạt động, nhiều chuyên gia cho rằng, hiện nay việc thi hành Nghị định 115 vẫn chưa được thực hiện đúng theo tinh thần. 
Theo ông Phạm Hồng Quất, từ kinh nghiệm ở các nước cho thấy, việc tự chủ là phải đi liền với tự quyết về tài chính, tự quyết về kế hoạch kinh doanh, đối tác chiến lược, về nhân sự, nhưng đi liền với đó là khoán sản phẩm đầu ra. Theo đó, việc hỗ trợ ở đây chỉ được tính là có bao nhiêu giao dịch công nghệ, bao nhiêu người mua cái hàng hóa đấy, hỗ trợ được bao nhiêu hợp đồng… Vì thế việc đầu tư tiền đã tạo ra lợi thế cạnh tranh cho một ngành công nghiệp hay một địa phương, tạo ra công ăn việc làm hay một doanh thu mới làm cho thuế suất của doanh nghiệp tăng lên, nguồn thu về thuế tăng lên, trình độ công nghệ của sản xuất cũng tăng lên. Đây chính là thước đo bằng giá trị gián tiếp chứ không thể đo bằng giá trị thu được từ chính hàng đấy bán được công nghệ đấy bao nhiêu tiền.

Với cách lấy  thước đo này chúng ta phải xem lại theo hướng cơ chế tự chủ này cần dành cho bên sàn giao dịch hay bên hỗ trợ chuyển giao bằng một cơ chế. Từ đó cơ chế sẽ giúp cho một trong hai bên này có thể linh hoạt khi sử dụng nguồn nhân lực cũng như nguồn tiền và công nghệ được cấp để có thể bán cho doanh nghiệp. Theo đó, hình thức có thể liên kết cũng có thể là môi giới, hoặc nhận tiền môi giới theo thỏa thuận, nhận tiền xúc tiến đầu tư cộng với chuyển giao công nghệ. Nếu vận hành theo cơ chế trên thì sẽ cho ra kết quả, tổ chức nào làm tốt thì giữ lại không làm tốt thì loại bỏ.

Xuất phát từ thực tế việc chuyển giao công nghệ mang tính công cộng nhiều hơn là hàng hóa thông thường, nên ít tổ chức nào thu được lợi nhuận từ việc lập ra một sàn giao dịch công nghệ hay làm một tổ chức hỗ trợ chuyển giao công nghệ. Trong khi hiện nay cơ chế tự chủ đang vận hành theo cách, cho tổ chức khoa học công nghệ một khoản tiền tính theo năm, đáng ra nhà nước nuôi các tổ chức này 1 - 2 tỷ đồng nhưng giờ cho một khoản tiền nhỏ để tổ chức khoa học công nghệ làm sàn giao dịch, tự nuôi. Điều này đã làm sai về cách thực thi tự chủ khoa học công nghệ. Bởi việc tự chủ này đưa đến giảm dần nhà nước không bao cấp và các tổ chức khoa học công nghệ phải tự sống bằng nguồn thu. Cách hiểu này đang dẫn đến cho một số sàn giao dịch công nghệ lập ra nhưng chưa hoạt động hiệu quả. 

Để khắc phục được những bất cập trên, đồng thời thu về được kết quả cao trong việc xây dựng sàn giao dịch khoa học công nghệ,  điều quan trọng nhất là Nhà nước cần có giải pháp vĩ mô hoàn thiện định chế trung gian để cho các tổ chức khoa học công nghệ có đủ nguồn lực kể cả về hàng hoá công nghệ đầu vào để giúp các tổ chức khoa học công nghệ lựa chọn những mặt hàng tốt nhất đã được ứng dụng thành công để bán cho doanh nghiệp. Theo đó, cán bộ tư vấn giữ vai trò rất quan trọng, cần phải được đào tạo để có tư duy, tầm nhìn, kỹ năng đạt tầm quốc tế thì doanh nghiệp mới có thể tiếp thu được. Ông Phạm Hồng Quất cho biết như vậy.

Cùng với đó chúng ta phải xây dựng được đội ngũ chuyên gia hỗ trợ về đánh giá, định giá để giúp cho doanh nghiệp biết được mua bao nhiêu thì vừa ? có mua hay không ? mua của ai thì tốt ?... Thực tế hiện nay, phần định giá, đánh giá công nghệ của chúng ta còn đang yếu và thiếu kể cả cấp độ Trung ương và địa phuơng. Vì thế chúng ta phải đầu tư một mạng lưới ngân hàng các chuyên gia chuyên nghiệp. Trước mắt nếu chưa xây dựng được thì chúng ta có thể thuê, thuê xong rồi học, rồi chuyển giao. Cùng với đó là xây dựng mạng lưới liên kết giữa các tổ chức trung gian các viện, trường công nghệ với các tổ chức hỗ trợ xúc tiến của các ngành khác, gắn với sản xuất, gắn với dịch vụ. Đặc biệt ưu tiên cho những lĩnh vực như nông nghiệp, công nghiệp sản xuất chế biến các chuỗi giá trị sản phẩm. Theo đó, phải gắn kết từ đầu vào đến đầu ra một sản phẩm công nghệ. 

Theo các chuyên gia,  muốn cho thị trường khoa học công nghệ trong nước phát triển thì những người làm công tác quản lý ở các địa phương, các Bộ, ngành phải có chính sách làm sao cân bằng lợi ích giữa những nhà nhập khẩu công nghệ nước ngoài với những nhà sản xuất công nghệ trong nước. Thực tế, hiện nay trong lĩnh vực xử lý môi trường, lĩnh vực nông nghiệp, xây dựng, chúng ta có nhiều công nghệ mà nước ngoài đề nghị mua, các nước tiên tiến mua về sau đó quay lại bán cho chúng ta. Trong khi chính chúng ta sáng chế ra nhưng lại không bán trực tiếp được cho nhau. Bởi vấn đề ở đây là người nước ngoài biết cách tạo dựng thị trường. Vì vậy, Luật đấu thầu mua sắm tập trung, sử dụng ngân sách nhà nuớc cần phải có những quy định ưu tiên sử dụng công nghệ trong nước. Có nhiều công trình nếu đấu thầu sòng phẳng thì về công nghệ, về giá, về tính năng ta hoàn toàn thắng nhưng đấu thầu cả về năng lực, kinh nghiệm, số công trình đã thực hiện trên thế giới, rồi về khả năng tài chính thì chúng ta khó mà vào được.