Trước đây, nhà khoa học chủ trì đề tài thực hiện phân bổ nguồn kinh phí thực hiện đề tài dựa theo TTLT số 44/2007/TTLT-BTC-BKHCN (TTLT 44) , chủ yếu xây dựng định mức cho một số nội dung chi, công lao động được thể hiện qua chuyên đề. Các đề tài, dự án khoa học và công nghệ (KH và CN) phải làm các chuyên đề, có định mức và giá trị khác nhau. Do đó, đã xảy ra tình trạng nếu đề tài nghiên cứu không có khoản mua sắm, chủ trì đề tài thường “vẽ” ra hàng chục chuyên đề để có đủ kinh phí chi cho các công việc nói trên nhằm “đối phó” với các cơ quan chức năng. Chưa kể, theo một lãnh đạo Bộ KH và CN, khi thực hiện theo TTLT 44 thì gần như mặc định coi đề tài là của một mình cá nhân chủ nhiệm đề tài. Tức là người làm dự toán, thuyết minh, đi bảo vệ, giải trình sẽ là chủ nhiệm của đề tài, cơ quan chủ trì không kiểm soát được hoạt động của người chủ nhiệm đề tài ấy như thế nào. Mức chi cho các nhà khoa học tham gia đề tài như thế nào, ngay cả người lãnh đạo cơ quan chủ trì đề tài cũng không biết. TTLT 55 thay đổi việc xây dựng dự toán cho các nhiệm vụ, theo đó sẽ không còn chuyên đề; cơ cấu toàn bộ tiền công, chi của cơ quan chủ trì vào trong dự toán thành một mục riêng. Các nhà khoa học tham gia đề tài phải có địa chỉ rõ ràng, có tên, chức danh, hệ số lương, thời gian tham gia đề tài, khối lượng… dựa vào đó để làm dự toán tiền công. Sau đó toàn bộ kinh phí sẽ chuyển vào quỹ lương của đơn vị. Cho nên dù người đứng đầu cơ quan chủ trì không làm chủ nhiệm đề tài, nhưng vẫn nắm được toàn bộ việc thu, chi của đề tài. Người chủ nhiệm đề tài vẫn điều hành việc thực hiện đề tài, nhưng chi đến đâu thì làm dự trù đến đấy, người đứng đầu cơ quan chủ trì sẽ duyệt chi và thanh toán theo định mức tham gia của các nhà khoa học.

Bên cạnh đó, TTLT 55 được bổ sung nhiều nội dung khác như: mua thiết kế, bí quyết công nghệ, quyền sở hữu tài sản trí tuệ… giúp các nhà khoa học không phải dùng tiền của đề tài, chuyên đề để mua. Định mức chi cho chủ trì hội thảo, báo cáo viên, các chuyên gia, họp hội đồng… cũng tăng từ ba đến bốn lần so với định mức cũ, sát hơn với thực tế. Vụ trưởng Kế hoạch Tổng hợp, Bộ KH và CN Hoàng Minh Thức cho biết, việc lên dự toán ngày công lao động sẽ được các hội đồng khoa học xét duyệt bằng kinh nghiệm chuyên môn. Nhờ đó sẽ không còn tình trạng nhà khoa học “vẽ” ra ngày công lao động.

Mặc dù đã tạo ra những thay đổi theo hướng tích cực với công tác xây dựng dự toán và quyết toán kinh phí, nhưng TTLT 55 còn bộc lộ một số hạn chế. TS Vũ Hùng Cường, Trưởng ban Kế hoạch -Tài chính, Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam cho biết, hiện nay, kinh phí nhiệm vụ cấp bộ tính bình quân tại Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam cao nhất khoảng 400 triệu đồng/hai năm. Theo TTLT 55, dự toán kinh phí quản lý chung nhiệm vụ KH và CN bằng 5% tổng dự toán tức là tương đương với 10 triệu đồng/năm thì còn thấp hơn cả mức theo TTLT 44 là 15 triệu đồng/năm. Bên cạnh đó, định mức quy định trong TTLT 55 là áp dụng đối với nhiệm vụ KH và CN cấp Quốc gia, các bộ, cơ quan trung ương và địa phương phải có trách nhiệm hướng dẫn, ban hành định mức xây dựng dự toán đối với nhiệm vụ KH và CN phù hợp với nguồn lực ngân sách được phân bổ hằng năm. Như vậy, các cơ quan chủ trì dù muốn trọng dụng các nhà khoa học, nhưng sẽ không dám đặt ra định mức tiền công, thù lao cao, bởi sẽ bị ảnh hưởng đến nguồn ngân sách cho các hoạt động khác. Do đó, việc tăng định mức trong xây dựng dự toán chỉ có ý nghĩa và đi vào thực tế khi đi kèm với tăng tổng mức kinh phí hoạt động thường xuyên phân bổ hằng năm cho các tổ chức KH và CN được ngân sách nhà nước bảo đảm kinh phí hoạt động thường xuyên. Ngoài ra, theo ý kiến của nhiều chuyên gia, nếu giữa chủ nhiệm đề tài và người lãnh đạo cơ quan chủ trì đề tài có những mâu thuẫn, bất đồng thì việc lấy kinh phí để thực hiện đề tài theo đúng tiến độ sẽ gặp khó khăn khi thực hiện theo TTLT 55.

Điểm nổi bật của TTLT 55 là có sự đổi mới trong công tác xây dựng dự toán và quyết toán kinh phí thực hiện đề tài sát với thực tế, thực hiện khoán chi cho đến sản phẩm cuối cùng. Thực hiện minh bạch kinh phí đối với nhiệm vụ KH và CN, được coi là một trong những khâu đột phá trong việc đổi mới cơ chế quản lý hoạt động KH và CN.